De pianist, organist, kerkmusicus en muziektheoreticus Bert Mooiman studeerde aan het Koninklijk Conservatorium (Den Haag). Hij behaalde de diploma’s Uitvoerend Musicus piano en orgel cum laude, en ontving de Fock-medaille voor zijn bijzondere artistieke prestaties.
Hij won prijzen op internationale orgelconcoursen in o.a. Groningen en Ljubljana. Zijn artikel “Olivier Messiaen en de Franse harmonie” werd gehonoreerd met de Martin J. Lürsenprijs. Van 1993 tot 2000 werkte hij als pianosolist voor Het Nationale Ballet. Sinds 2000 is hij als docent hoofdvak muziektheorie, piano en improvisatie en als onderzoeksbegeleider verbonden aan het Koninklijk Conservatorium. Momenteel verricht hij een wetenschappelijk onderzoek naar de rol van improvisatie in de 19e-eeuwse muziek.
Hij is betrokken bij diverse internationale projecten rond het improvisatieonderwijs, en geeft op dit gebied regelmatig gastlessen, o.a. aan de Guildhall School of Music and Drama in Londen. Hij publiceerde over muziektheoretische onderwerpen en geeft colleges voor het HOVO aan de Universiteit Leiden. Als pianist treedt Bert Mooiman zowel solistisch als in kamermuziekverband op.
Sinds 1989 is hij vaste organist van de Nieuwe Badkapel (’s-Gravenhage), waar hij ook artistiek leider is van de serie Badkapelconcerten. Tot 2011 was hij daarnaast titulair organist van de Grote of Onze Lieve Vrouwekerk te Breda. Als organist is Bert Mooiman regelmatig te gast bij het Rotterdams Philharmonisch Orkest.